El primer intento de establecer un zoológico en el Bosque de Chapultepec lo hizo Porfirio Díaz en 1890. Fiel a las tendencias de las grandes capitales europeas, Díaz firmó un convenio para la construcción de un jardín zoológico en el corazón del bosque, un espacio público para la exhibición de especies exóticas dedicadas a la recreación que, desde la perspectiva de la gestión de Porfirio, encarnaba los valores de una metrópolis moderna.

Con el inicio de la Revolución, el zoológico sufrió una transformación decisiva. El nuevo proyecto cayó en manos de Alfonso Luis Herrera, conservacionista y pionero en la enseñanza de la biología en México, a quien el presidente Álvaro Obregón encomendó la tarea de erigir el nuevo ícono de Chapultepec en 1921. Interesado en presentar las ideas de Darwin, Herrera había fundado la Dirección de Estudios Biológicos (DEB) en 1915, con el objetivo de estudiar a fondo la flora y fauna del territorio nacional y sus aplicaciones. El DEB, germen del Instituto de Biología de la UNAM, fue el brazo académico y de investigación que apoyó el nuevo modelo de zoológico que se instalaría en Chapultepec. En consonancia con su época, la propuesta de Herrera convocaba a sustituir las barras de hierro y el espíritu de diversión para emprender un nuevo rumbo hacia las funciones de centro de conservación de la vida silvestre. Como todo proyecto surgido del conflicto armado, el nuevo plan también abrazó el nacionalismo a través del legado prehispánico. La narrativa que remonta el origen de los zoológicos en México a la colección de animales y plantas exóticas de Moctezuma, un espacio con especies de todo el mundo conocido entonces por los mexicas, nació en este período y aún hoy acompaña al zoológico.
Durante la segunda mitad del siglo XX, el carácter gratuito y popular del zoológico lo convirtió en un icono del bosque y en la principal atracción para los niños de su interior. En agosto de 1980, la institución logró un hito en la conservación de especies en peligro de extinción: cinco años después de la donación de una pareja de pandas gigantes por parte del Gobierno de China, Chapultepec se convirtió en el hogar de Tohui, el primer ejemplar de la especie. que logró nacer y sobrevivir en cautiverio fuera de China. El nacimiento captó la atención de la prensa y catapultó la fama del zoológico. Las transmisiones de televisión, las canciones pop, las camisetas y los juguetes en honor a Tohui también aumentaron los ingresos del Zoológico de Chapultepec, que atravesaba un período marcado por la negligencia del gobierno y la falta de mantenimiento.
En la década de los noventa, el zoológico sufrió una importante remodelación con la que adquirió el rostro que lo caracteriza hoy, con una nueva distribución de animales organizada por zonas bioclimáticas y el rediseño de sus recintos. En 2021, durante el cierre del bosque por la pandemia de covid-19, el gobierno de la capital inició la más reciente etapa de remodelación, esta vez enfocada en albergues de animales y pasarelas de visitantes.
Desfile y actividades de aniversario.

Entre las actividades del centenario del zoológico, la Secretaría de Medio Ambiente de la capital (Sedema) anunció un desfile cultural para el jueves 6 de julio a las 10:00 horas, que partirá desde la entrada principal del Bosque de Chapultepec, conocido como Puerta de los Leones. . Además, las figuras gigantes de animales del Festival Animalista que se realizó en Semana Santa permanecerán en la primera y segunda sección de Chapultepec hasta el 9 de julio, incluido el icónico panda gigante en la Puerta de los Leones. Durante la segunda mitad del año, el zoológico anunciará una serie de exhibiciones temporales e inauguraciones de nuevos recintos para anfibios, reptiles y el mariposario.
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